عضو مجلس إدارة غير تنفيذي
يشغل الدكتور شاكر منصب رئيس المجلس المصري للشئون الخارجية.وفي 2002، أصبح رئيس مجلس إدارة معهد تكنولوجيا المعلومات الإقليمي (RITI)، إحدى الشركات التابعة للمركز الإقليمي لتكنولوجيا المعلومات والبرمجيات (RITSEC). وفي 2006، تم إختياره رئيسا لمجلس أمناء المركز الوطني لدراسات الشرق الأوسط. وإعتبارا من 2009، تم تعيينة عضوا في مجلس إدارة المعهد الدبلوماسي، التابع لوزارة الخارجية المصرية. والجدير بالذكر أن السفير شاكر أيضا عضو في الجمعية المصرية للقانون الدولي.وإنتخب السفير شاكر رئيس مجلس أمناء مؤسسة ساويرس للتنمية الاجتماعية في 2001، وهي منظمة خيرية. وذلك إعتبارا من بداية 2008، وانتخب ايضا رئيسا لمجلس أمناء مؤسسة مجدي يعقوب لأبحاث القلب.وإعتبارا من يونيو 2009، أصبح عضوا في مجلس إدارة الهيئة العامة للطاقة النووية.والجدير بالذكر أن الدكتور شاكر كان سفيرا لمصر إلى المملكة المتحدة والنمسا، وكذلك ممثلا لمصر في مجلس محافظي الوكالة الدولية للطاقة الذرية (IAEA)، وإلى الأمم المتحدة في نيويورك كممثل الدائم لمصر (1984-1986)، ونائب ممثل مصر لدى مجلس الأمن التابع للأمم المتحدة في 1984/1985.